Pagėgių savivaldybės Martyno Jankaus muziejaus rinkiniai susideda iš pagrindinio muziejinių vertybių fondo ir mokslinės pagalbinės medžiagos. Eksponatai kaupiami šiomis pagrindinėmis kryptimis: archeologija, istorija, etnografija, dailė, fotografija, numizmatika, faleristika, filokartija, filatelija, raštija, sfragistika, asmenų fondai, etnologija, heraldika ir kt.

Pagrindinį muziejaus fondą sudaro autentiška  dokumentinė ir daiktinė medžiaga susijusi su aušrininko, spaustuvininko, Tilžės akto signataro, Mažosios Lietuvos patriarcho Martyno Jankaus gyvenimu ir veikla. Taip pat pagrindiniame fonde kaupiama medžiaga, susijusi su kitų iškilių Mažosios Lietuvos asmenybių – Vydūno, E. Jagomasto, J. Vanagaičio J. Bobrovskio, V. K. Banaičio, V. Didžio, A. Mackaus ir kt. gyvenimu ir veikla. Muziejinei ekspozicijai skirtos dvi salės kurių pagrindinė tema Mažosios Lietuvos  ir Mažosios Lietuvos knygos istorija. Muziejuje saugomi memorialiniai Martyno Jankaus daiktai, garso ir vaizdo įrašai, susiję su žymių žmonių gyvenimu, veikla ir kūryba, autentiški  rašyti ir spausdinti dokumentai, medžiaga apie JAV ir Australijos  išeivijos lietuvių veiklą.

Moksliniam pagalbiniam fondui priklauso fotokopijos, dubletiniai egzemplioriai, kiti daiktai, naudojami parodų ar ekspozicijų apipavidalinimui, mokymo, informacijos skleidimo tikslais, reikšmingi krašto istorijai, tačiau dar neturintys istorinės vertės.